本发明公开了一种指纹处理装置及其控制方法和控制装置。该方法包括：通过第一传输通道获取用户指纹信息；根据用户指纹信息生成处理信息；查询预设的通讯链路标志；当查询到的通讯链路标志为第一标志时，通过第一传输通道传输处理信息至上位机；当查询到的通讯链路标志为第二标志时，按照键盘字符编码格式对处理信息进行编码；以及通过第二传输通道传输编码后的处理信息至上位机，其中，第一传输通道与第二传输通道为同一物理传输通道上的不同逻辑传输通道。通过本发明，纹处理装置既能与屏蔽大容量存储类USB口的主机交换数据，又能与仅支持HID键盘通讯类USB口的主机交换数据，使得指纹处理装置与上位机通信方式灵活。