本发明适用于计算机领域，提供了一种硬盘ATA指令的加密传输的方法及系统，包括下述步骤：对特殊ATA指令进行加密，并产生加密密钥，并由TPM对所述加密密钥再次加密，将产生的密文存储在硬盘保护分区中，所述特殊ATA指令为主机系统与硬盘保护分区通讯的ATA指令；当有通讯请求时BIOS发送特殊ATA指令给硬盘内硬盘管理系统；BIOS调用TPM并通过所述TPM对调用特殊ATA指令的普通ATA指令及BIOS与TPM之间的通讯指令进行完整性校验；如果完整则由BIOS从硬盘保护分区中取出密钥的加密密文，并调用TPM对加密密文进行解密得到密钥；TPM发送数字签名证书及密钥给硬盘加密系统，由硬盘加密系统对特殊ATA指令解密，然后打开硬盘保护分区执行通讯请求。