一种应用于微小型飞行器的集群控制系统属于微小型飞行器控制系统技术领域。包括机载的飞行器集群控制系统和地面部分，飞行器集群控制系统包括：测量单元、飞行群控制器、飞控执行单元、飞行群通讯单元、飞行群发射天线；地面部分包括：飞行控制地面站、地面通讯单元、地面发射天线。测量单元将飞行器的飞行状态数据传送给飞行群控制器，飞行群控制器通过飞行群通讯单元与其它飞行器集群控制系统以及地面部分交换数据信息，然后将指令送至飞控执行单元，以调整飞行器的飞行状态。本发明实现了微小型飞行器集群编队飞行控制，具有通讯距离远、质量低、体积小、集成度高、性能稳定可靠、成本低廉、可应用于不同飞行器编队的优点。