本发明公开了一种基于透明代理设备的远程控制方法及其系统，属于网络审计领域。其方法为：在远程控制服务器和网络中某一服务器建立连接后，解析远程控制服务器发送的通讯数据，如果通讯数据为普通数据则透明代理设备将数据直接发送出去，如果为远程控制软件服务端发送的数据则在远程控制软件服务端和控制端建立连接，实现网络环境下C/S模式的直接通讯；该系统包括远程服务器、远程控制软件、透明代理设备；透明代理设备包括一代理装置，用于实现在所述透明代理设备和远程服务器之间的通讯，远程控制软件的控制端和服务端分别位于透明代理设备和远程服务器上。本发明可大大提高防火墙等物理串入设备的可管理性和交互性，提升了产品的人性化。