本发明公开了一种支持文件分配表文件系统的数据存储系统及方法，包括一便携式终端，所述便携式终端包括一通讯接口及一支持文件分配表文件系统的存储装置，所述文件分配表文件系统具有隐藏扇区，所述系统还包括一终端设备，所述终端设备具有一与便携式终端进行通讯的通讯接口及一终端工具，所述终端工具用于配置系统数据或个性化设置数据，并将所述数据从终端设备与便携式终端的通讯接口写入所述隐藏扇区中。按照本发明所述系统及方法，既降低了存储介质的成本，又实现了对数据的安全可靠的存储，使得所存储的数据不会被格式化，在降低成本及安全存储的同时，丰富了产品的功能，更具人性化。本发明可以应用于MP3、MP4、PMP等便携式终端。