本发明提供了一种针对嵌入式系统的程序调试方法及嵌入式系统，属于程序调试领域。该方法包括：嵌入式系统的CPU通过其通讯口接收来自调试主机的高层调试指令，并将其转换为底层调试指令；测试接入端口控制器将底层调试指令对应的数据预先存储到嵌入式实时在线电路仿真器的寄存器中；嵌入式实时在线电路仿真器将所述寄存器中预先存储的数据与所述CPU在程序实时运行时的数据进行比对，当两者一致时，则使程序进入调试模式；之后CPU将程序实时运行产生的数据经协议转换后通过其通讯口传输给调试主机。本发明由CPU通过其通讯口传输高层调试指令并将其转换成底层调试指令，以及在进入调试模式后，由其通讯口输出数据，降低了调试成本。