本发明公开了一种蝎毒蛋白多肽的结肠靶向制剂及其制备方法，该蝎毒的结肠靶向制剂，采用低酯果胶为主要载体，滴入含钙离子的溶液中反应固化形成小球，烘干后，再浸泡于一定浓度的聚乙烯亚胺溶液中进一步交联形成疏水性更强的外层，烘干即得结肠靶向制剂。该制剂经口服后药物集中于结肠部位释放，能显著提高结肠部位的药物浓度，药物直接与结肠病灶部位接触，且能有效避免药物在胃及小肠中被胃酸或酶等破坏，充分发挥药物的治疗作用。