本发明公开了一种单片机后台调试的系统和方法，所述系统至少包括一个物理驱动模块，一个数据链路模块，一个前后台通讯模块和一个应用功能模块。物理驱动模块利用单片机的串口或扩展设备在后台调试系统和单片机应用系统之间建立联系；数据链路模块，负责物理驱动模块和前后台通讯模块的数据发送、处理；前后台通讯模块是前后台通讯接口，负责数据链路模块和应用功能模块的数据发送。在所述系统上，用户可裁剪设置也可在其基础上开发新的调试方法。本发明克服了传统单片机开发没有后台调试的弊端，为开发者提供一个可裁剪、可扩展的后台调试系统和方法，方便单片机的开发。