本发明涉及一种近海海洋底层缺氧现象实时监测系统，包括水质监测分站、水质监测控制主站、水声通讯与232串口通讯分站和电池包。水质监测分站包括数字量传感器集成模块和模拟量传感器集成模块，水质监测控制主站包括数据处理器和外扩存储模块，水声通讯与232串口通讯分站包括海底水声通讯机集成模块、海面水声通讯机和232串口通讯模块；数据处理器通过现场传输总线与数字量传感器集成模块、模拟量传感器集成模块、外扩存储模块、海底水声通讯机集成模块相连接，数据处理器通过232总线与232串口通讯模块相连接，电池包与水质监测控制主站连接。本发明具有使用安全方便、功耗低、抗干扰性强、可扩展性好、实时监测数据准确安全等优点。