本发明有关一种车用防盗主机及其自动设定车主号码的方法。车用防盗主机装有与第一通讯器彼此通讯的第二通讯器，该方法包含：在待机模式下第二通讯器电连接用户身份识别卡时，令第二通讯器利用用户身份识别卡资料与外部通讯，并进入设定模式；及在设定模式下令第二通讯器接收第一通讯器来电时，自第一通讯器来电获取第一通讯器的第一识别码，令其成为车主号码。该车用防盗主机包含：第二通讯器，连接用户身份识别卡并与第一通讯器彼此通讯；一控制模组，具有待机处理单元及设定处理单元，及一记忆模组，记录车主号码。防盗主机装入用户身份识别卡后，车主可利用第一通讯器拨电话给防盗主机，其会将首次拨进电话号码视为车主号码，可轻松完成车主号码及追踪/防盗功能设定。