本发明涉及一种利用一代用SATA主控装置与一SATA装置进行通讯的方法，其包含有：在该SATA装置与该代用SATA主控装置间建立一实体层连结；当该SATA装置的一忙碌旗标被设定时，该代用SATA主控装置通过一替代协议以代替该代用SATA主控装置与该SATA装置间的SATA协议，来传送指令与数据至该SATA装置；以及该SATA装置依据所接收到的指令与数据与该代用SATA主控装置进行沟通。