本发明公开了一种使通讯系统的主备用时钟保持一致的方法，使主用时钟板处于自由振荡状态或保持状态，并将主用时钟板输出的一路时钟信号作为备用时钟板的同步参考源；备用时钟板跟踪主用时钟板输出的时钟信号，将输出时钟的频率同步到主用时钟板输出的时钟频率。在保证主备用时钟板输出频率一致的情况下，通过对备用板输出信号的相位调整，去锁定主用输出信号，可以保证主备用时钟板输出相位的一致。本方案保证了系统中始终是备用时钟板跟踪主用时钟板的输出，并且保证了主备用时钟板输出频率的一致，从而脱离了外同步参考源，不受外同步参考源的影响，增加了通信设备的稳定性同时也简化了设备、降低了设备的成本。