本发明公开了一种CAN总线系统及其中的应用层通讯方法；方法包括：需要对其它CAN节点进行操作的CAN节点发送应用层消息给所述CAN总线，在应用层消息中携带发送者标识、接收者标识和用于表示所要进行的操作的功能信息，将本节点的标识作为发送者标识，将作为操作对象的CAN节点的标识作为接收者标识；所述CAN总线根据所述应用层消息中携带的所述接收者标识将应用层消息传送给相应的CAN节点；接收应用层消息的CAN节点根据应用层消息中携带的所述功能信息进行相应操作。本发明简单实用，便于推广和移植，可以适合于很多使用CAN总线的工业自动化工艺设备上。