本发明利用微生物制剂的河川和湖水的生物处理方法包括下列步骤：制备复合微生物液剂的步骤，混合原料的制备步骤，高温接种步骤，把高温接种的混合原料予以培养的培养步骤，把经过所述培养步骤的混合原料予以干燥而使得微生物制剂产品化的干燥步骤，及把所述微生物制剂投入污染的河川或湖水的投入步骤。