本发明公开了一株溶藻希瓦氏菌及其在控制蓝藻水华中的应用。从太湖水体中分离获得了一株具有显著溶藻活性的希瓦氏菌(Shewanella sp.)Lzh-2，保藏号为CGMCC No.6549，并且从其代谢产物中分离纯化并鉴定出其有效溶藻成分六氢吡咯并[1,2-A]吡嗪-1,4-二酮和二氢吲哚-2,3-二酮，其中六氢吡咯并[1,2-A]吡嗪-1,4-二酮对铜绿微囊藻9110的半致死量LD50为5.7μg/mL，对聚球藻BN60无致死效果，二氢吲哚-2,3-二酮对铜绿微囊藻9110和聚球藻BN60的半致死量LD50分别为12.5μg/mL和34.2μg/mL。可用于新型生物杀藻剂的研发和生产，最终应用于湖泊蓝藻水华的控制。