本发明公开了一种同步脱氮除磷微生物燃料电池。本发明包括恒温搅拌系统、反应系统和数据采集监测系统。恒温搅拌系统包括恒温磁力搅拌器和磁力搅拌子；反应系统包括阴极反应室、阳极反应室和质子交换膜，阴极、阳极反应室分别设有进水管和出水管，阴极、阳极反应室内设有阴极、阳极产电基质，产电基质中浸有活性污泥和附着该活性污泥的挂膜阴极、挂膜阳极，阴极、阳极反应室顶部均设有导线固定管、取样管和参比电极固定管，阴极反应室的出水管与外置曝气装置相连；质子交换膜固定在阳极、阳极反应室之间。数据采集监测系统包括负载、导线、数据采集器和计算机。本发明可连续或间歇运行，无需投加电子中介体，能够实现同步脱氮除磷和生物产电功能。