本发明属于受污染地下水修复技术领域，特别涉及一种用微纳米气泡对污染地下水强化原位修复的方法及系统。在地下水被污染物污染区域的上游位置设置注水井，向其中通入含营养盐的微纳米气泡水；含营养盐的微纳米气泡水随地下水流动移至污染区域，分解污染物或为微生物持续补充电子受体/供体，促进有机污染物的降解去除；同时设置抽水井在污染区域下游抽水，形成地下水流场；通过监测井对去除有机污染物过程中各参数进行实时监测和分析，调节微纳米气泡的发生时间和曝气量。微纳米气泡供氧效果好、持续时间长、影响范围大，弥补自然降解和生物通风等常规原位修复技术的不足，成本低、节能高效，适宜于有限面积、高污染负荷的场地修复。