本发明提供了一种去除钨离子交换废水中氟磷砷的方法，该方法包括：在第一容器中，将钨离子交换废水与第一氟磷砷渣进行混合，以便获得经过脱氟的废水；以及在第二容器中，将所述经过脱氟的废水与氢氧化钙和磷酸进行混合，并将所得到的第一混合物进行搅拌后静置沉降而获得经过净化的废水和第二氟磷砷渣。根据本发明实施例的方法不仅可以有效地去除氟、磷和砷等有害元素，并且大幅度降低了试剂消耗量，节省了成本。