本发明提供一种含甲醛酸性废水的综合处理方法，具体针对生产氨基三亚甲基膦酸、乙二胺四亚甲基膦酸等有机膦水处理药剂过程中产生的大量含有甲醛的盐酸废液，本发明提供的一种综合处理办法：将液氨加入到含甲醛酸性废水中，调节PH值至5~7生成氯化铵稀溶液。减压精馏，浓缩，结晶，脱水得到氯化铵晶体可以作为氨基三亚甲基膦酸的原料，也可以用作农作物氮肥。废水中的甲醛经过精馏提纯得到质量百分浓度≥20%的甲醛溶液作为有机膦生产原料回收利用。蒸出废液中甲醛浓度＜2mg/L，氯离子含量≤3ppm，PH为5~7达到工业废水的二级排放标准。