本发明公开了一种果胶废水的微生物处理工艺，包括以下步骤：1）向活性污泥处理单元中投加工程菌菌种，经培养、负载，形成富含工程菌的活性污泥，再经驯化和诱导形成果胶降解菌活性污泥，并能够高效分泌果胶酶，形成具有高效降解果胶作用的微生物处理单元；（2）调节果胶废水的pH值为3.5～8.0，然后将其输入步骤（1）得到的活性污泥处理单元进行果胶降解及COD去除过程，果胶降解和COD去除之后，使得果胶废水达标排放。本发明的技术能够高效降解果胶，且果胶降解与COD去除在同一活性污泥处理单元内同步完成，从根本上消除了果胶废水处理过程中的物化污泥，大大降低了果胶废水处理难度和成本。