本发明公开了一种微生物基锰碳复合材料的制备方法和应用，其步骤：（1）无菌条件下加入过滤除菌的HEPES缓冲液和MnCl₂于已灭过菌的培养基中，以1%接种量接入生长到对数期的锰氧化菌菌液，将三角瓶放入摇床中培养，离心，收集沉淀，用超纯水清洗其表面残余离子，干燥；（2）称取前一步制备的材料，与活化剂氢氧化钠按一定质量比混合，加入去离子水搅拌，使原料完全浸入活化剂中，用烘箱干燥，高温活化，用盐酸洗涤至无气泡产生，然后用去离子水洗涤至中性，干燥后研磨得复合材料。方法易行，操作简便，易于大规模的生产复合材料，通过该复合材料对染料废水靛蓝二磺酸钠的去除发现其吸附速度快，效率高，适合在环境治理中广泛应用。