本发明属于水体净化领域，涉及具有高效溶藻活性的短小芽孢杆菌及其应用。具有高效溶藻活性的短小芽孢杆菌NMCC46，保藏于国家微生物菌种保藏管理委员会普通微生物中心，保藏号为CGMCC No. 3378，保藏日期为2009年11月2日。短小芽孢杆菌NMCC46对铜绿微囊藻生长繁殖有很强的抑制作用，7d后抑藻率为97.45%。短小芽孢杆菌NMCC46的发酵上清液在终浓度5‰时就有很好的溶藻效果。其产生的溶藻活性成分具有很好的热稳定性和pH稳定性。因此，所述的短小芽孢杆菌NMCC46可在控制蓝藻水华方面应用。