本发明提供一种香根草污水净化系统及其方法，主要通过生物工程的方式，包括经过充分腐解的香根草叶子和根冠所制成的垫层、利用香根草的根和茎编织成的香根草底座，香根草种植于香根草底座中，由底座下方的垫层对污水中的污染物进行分解发酵，可初步破坏大颗粒的废水胶体的稳定性，其分解所得的物质为香根草生长所需要的肥料，收割后的香根草可重复制成垫层或底座，循环利用，而香根草底座可提高净化面积，全方位去除污水中全N、全P及重金属。本发明充分利用香根草各部位及其衍生物，组成一种绿色环保并且可重复利用的污水净化系统，其克服了以往净水措施的不足，不仅成本低，可持续性强，同时具有净化范围大、净化效果佳等特点。