本发明涉及一种极端耐旱齿肋赤藓单株克隆系的保存、活化及扩繁方法，该方法是将剥离出复水后的野生齿肋赤藓鲜绿的叶片，接种至改良的Knop固体培养基上，再转接至新鲜改良的Knop固体培养基中生成大量单株克隆再生苗；将再生苗缓慢干燥后，置于超低温冰箱长期保存；保存的材料经缓慢复水后，再进行扩大培养获得大批量的纯系材料。本发明所述方法可从一个叶片或外植体在1-2个月内快速克隆出大批量的单克隆系，为齿肋赤藓作为抗旱研究的模式植物提供持续的纯系材料，同时为“沙漠地毯工程”提供方法依据。实现齿肋赤藓单克隆纯系材料的永续获得以及扩大。本发明所述方法简便、成本低、周期短、获得的单株克隆系发育程度一致。