本发明涉及一种载酶磁性颗粒强化絮凝去除水中微量有毒污染物的方法。首先，投加载酶磁性颗粒，控制酶催化交叉偶联聚合反应使微量有毒污染物共价结合进入有机质大分子结构，反应后有机物结构疏水性、分子量增加；其次，将载酶磁性颗粒进行磁性回收；最后，加入絮凝剂，酶催化聚合形成的污染物更容易通过压缩双电层、吸附电中和及沉淀网捕等凝聚/絮凝作用而沉淀去除，最终达到载酶磁性颗粒强化絮凝去除水中微量有毒污染物的目的。本发明具有对低浓度有毒污染物选择性好、处理效果佳，酶能够回收利用，成本低等优点，用途广泛，适用于各种含低浓度有毒污染物的天然水体、饮用水、废水的处理。