本发明涉及EPSB治理水体污染的方法，属于环境保护领域。本发明EPSB治理水体污染的方法，包括如下步骤：a、在目标水体中放置生态基；b、向目标水体中投放EPSB固态混合物；c、向目标水体中投放滤食性鱼类和/或水生植物；其中，所述的EPSB固态混合物为EPSB工程菌固化颗粒和EPSB工程菌菌粉组成的混合物。本发明具有治理效果好，环保无污染等优点,尤其能对底泥进行一定程度的治理，消减底泥。