一种水上围隔式浮岛养藻技术，在富营养化天然水体的真光层深度范围内设置一层薄膜，并将薄膜四周固定在高出水面的浮床上，形成一个围隔浮岛；利用动力设施将真光层以下的水体直接抽入到围隔浮岛内，同时保证围隔浮岛内的隔离水体始终在真光层内；在围隔浮岛底部设置曝气装置，将空气不断输入到围隔浮岛的隔离水体内，使围隔浮岛内的隔离水体充分混合；然后对围隔浮岛的隔离水体进行消毒、杀菌，添加相应成熟培养基进行微藻培养，待其叶绿素a浓度大于1000μg/L后，对微藻水体进行收集，即达到水上微藻培养的目的。本发明能够在水面上进行低成本微藻培养，适用于我国大多数富营养水体，在城市污染河流中以及海洋中适当改进后也能应用。