本发明公开了一种淀粉废水的处理方法，该方法包括以下步骤：(1)在淀粉废水中接种霉菌发酵；(2)将步骤(1)发酵所得的产物接种酵母菌，继续发酵即得。所述霉菌包括黑曲霉菌、台湾根霉菌和米曲霉菌中的一种或几种，所述酵母菌包括热带假丝酵母、白地霉菌和深红酵母中的一种或几种，发酵条件为淀粉废水中接种霉菌后29.5℃发酵16小时，接入酵母菌继续发酵，发酵液pH5.0。本发明利用微生物之间的互利共生作用，采用多菌发酵的方法处理淀粉废水，该方法不仅可去除淀粉废水中的主要污染物，还能获得具有很高饲料价值的单细胞蛋白(single cell protein)，从而实现对淀粉废水的资源化处理。