本发明公开了一种选择性高分子断裂催化剂及其制备方法和应用，制备包括以下步骤：加水到反应釜中，升温至50℃；向反应釜中加入有机膦酸类螯合剂，反应1h；再加入还原剂，反应30min；最后加入脱硼催化剂，升高反应温度至50-90℃，反应3h；本发明的选择性高分子断裂催化剂主要应用在油田压裂液的破胶上，使用量为压裂液总质量的0.05-0.1％。本发明的有益之处在于：破胶彻底，价格合理，无腐蚀性且不受大量共存盐类的影响；产品中含有的各种成分互为补充，脱硼催化剂将硼活化能降低，使得压裂液硼交联性能失稳，不断降解，最后达到水化破胶的效果，还原剂可降低活化能，相当于低温激活剂，防止氧腐蚀，有机膦酸类螯合剂，可防止结垢及处理后的水与后续水的配伍。