本发明涉及一种微生物清淤方法，将微生物制剂植入河道底部的淤泥中，植入位置距离淤泥上层10~15cm，微生物制剂以由多孔沸石颗粒为载体，并添加过氧化物，以枯草芽孢杆菌、脱硫微生物H1~H4、聚磷微生物、硝化细菌和反硝化细菌按活菌含量配比构成清淤菌。一种清淤装置，包括固定支架、机架、微生物植入槽，机架底部具有开设有孔的底平板，微生物植入槽的上部开设有加料口、下部开设有出料口、内部设置有植入机构。本发明通过清淤装置将微生物制剂植入河道底部淤泥中，致微生物在厌氧及兼氧环境中，实现好氧与厌氧代谢，将淤泥中的硫化物，亚硝酸盐，有机物等物质通过微生物细胞代谢转化，提出生物清淤的效果。