本发明涉及磁性复合砷吸附剂的制备方法及其应用，该方法，包括如下顺序的四个步骤：磁性纳米颗粒的制备；在磁性纳米颗粒表面通过非均相成核过程包覆铁和锰的氢氧化物沉淀；氧化已包覆的锰；脱水和干燥，即得到包覆无定形铁锰复合氧化物的磁性复合砷吸附剂。制备方法详见说明书。本发明优点：本发明是首次公开在磁性纳米材料表面包覆无定形铁锰复合氧化物的方法，制备条件温和，原料成本低廉，除砷快速有效，处理彻底，使用便捷，磁性固液分离过程速度快，复合吸附剂安全稳定，与低浓度三价砷反应后不会向溶液中释放铁或锰，复合砷吸附剂使用后可有效再生重复利用。磁性复合砷吸附剂的制备方法的应用：主要用于在地下水或饮用水中，去除水中毒性大的无机三价砷。