一种消除水体中藻毒素的装置及方法属于饮用水处理的技术领域；该装置包括混凝/絮凝沉淀池和正渗透膜反应器，所述的正渗透膜反应器主要包括反应池、正渗透膜、驱动液池和储液罐，正渗透膜位于反应池与驱动液池之间，并将反应池与驱动液池隔开，驱动液池与储液罐连通，储液罐底部设有磁场、储液罐上回流阀门通过回流泵与驱动液池连通；该方法将污染水体引入混凝/絮凝沉淀池，进行混凝/絮凝、沉淀处理后，通入以磁性纳米颗粒为驱动液的正渗透膜反应器，正渗透膜反应器出水即为达标水体；本发明具有结构简单、操作简便、处理后水质稳定可靠、经济安全且无二次污染等优点，适合受藻毒素污染的水源水处理。