本发明公开了一种生物柴油废水的处理方法。它是将生物柴油废水输入隔油池中进行停留隔油处理，回收隔油池上层的浮油，隔油处理后的废水进入调节池中进行水量和水质的调节，调节后的废水进入中和反应池中，调节pH值并加入混凝剂和絮凝剂，经搅拌反应后再进入混凝沉淀池沉淀，在混凝沉淀池的底部生成絮状污泥，絮状污泥经出泥管运至储泥池内储存并脱水外运，混凝沉淀池出来的废水依次进入厌氧池和好氧池中，进行厌氧发酵和好氧氧化以去除有机污染物，经过好氧氧化的废水再进入生物沉淀池中进行静置沉淀，经沉淀后在生物沉淀池的底部形成污泥，污泥经过污泥回流泵回流到厌氧池中，生物沉淀池出来的废水再经过活性炭过滤罐过滤后得到处理后的废水。