本发明公开了一种内陆核电站二回路凝结水精处理系统及控制方法，属于核电站凝结水精处理领域。本系统设置在内陆核电站二回路之中的凝结水系统上，包括：凝汽器、凝结水泵、凝结水主路、轴封加热器、CPS系统管路、凝结水升压泵、凝结水精处理设备及相关管路、阀门，所述凝汽器一端与汽轮机低压缸排气管路连接，另一端与凝结水主路连接，凝结水主路设置在凝汽器与轴封加热器之间，凝结水主路上并联有CPS系统管路，CPS系统管路上顺次设置有CPS系统进口电动阀、凝结水精处理设备、凝结水升压泵、CPS系统升压泵出口电动调节阀，所述凝结水主路上顺次连接有凝结水泵、电动开关阀、电动调节阀，凝结水主路上并联有旁路。