本发明涉及一种高抗性淀粉含量水稻的培育方法，步骤包括：取直链淀粉含量20%～25%水稻品种的成熟胚为外植体，诱导愈伤组织，继代培养至成倍增殖期，暗条件预培养，进行农杆菌共培养转化，转移到筛选培养基进行3轮筛选，取抗性愈伤组织诱导分化成苗，对抗性植株进行标记基因组织化学染色和筛选基因分子检测，鉴定含目的基因ISA1插入序列的分化小苗，对入选的转基因植株进行抗性淀粉含量检测，选留抗性淀粉含量高于10%的转基因植株，继续种植评价抗性淀粉含量的表达稳定性，繁殖抗性淀粉含量稳定高于10%的优良株系，最终培育出高抗性淀粉含量水稻。本发明的高抗性淀粉水稻，可用于糖尿病专用产品的开发，对糖尿病人群实施饮食疗法具有重要意义。