本发明属于环境复合污染微生物治理领域，公开了一种多环芳烃和有机锡复合污染治理菌剂及其制备方法与应用。该治理菌剂由生物表面活性剂产生菌及多环芳烃和有机锡降解菌按照质量比1：（1～20）混合而成。该治理菌剂可应用于受污染水体、底泥及土壤中多环芳烃和有机锡复合污染的治理。本发明提供的菌剂降解多环芳烃和有机锡复合污染物的技术与化学法和热处理法相比，具有处理效率高、成本低和无二次污染等优点。