本发明公开了一种利用排水沟渠拦截消纳稻田流失氮、磷的方法，属于农业氮、磷面源污染控制技术领域。沟渠的前段为水生植物组合吸收区，设有若干生物过滤箱呈S形排列于沟底，箱内填充基质，在沟渠水面与生物过滤箱内种植高吸收氮、磷的水生植物组合；沟渠后段为基质组合吸附区，底部铺设有粉煤灰与蛭石的混合物；沟渠末端安装调控稻田排水流速的闸门。本发明对稻田排水中氮、磷拦截率可达40~60%，并显著提高水体透明度，且本发明建立在原有农田排水沟渠的基础上，省去了大量基建成本，水生植物与吸附基质也便于获取。