本发明提供了一种通过茎尖细胞层重排对嵌合体彩叶植物进行种质创新的方法。本发明选取具有嵌合性状的母本嵌合体植物的顶芽或腋芽为外植体，对其进行表面消毒和冲洗后接种于初代培养基上进行培养，建立母本嵌合体的腋芽或丛生芽快繁体系。然后利用母本嵌合体的茎段或叶片等组织进行不定芽的诱导，使产生不同于母本嵌合体茎尖细胞层排布结构和性状的新类型嵌合芽。筛选性状优良且稳定的新型嵌合体株系进行生根诱导及炼苗，成活后移至田间再次进行筛选，从而获得彩叶嵌合体新品种。本发明有益的效果：本发明方法可操作性强，简单实用，育种周期短，可以广泛应用于嵌合体彩叶植物的新品种选育。