本发明公开了一种检测底泥中铁铝结合态磷生物有效性的方法，包括以下步骤：步骤1）采用去离子水提取的方式去掉底泥中以物理吸附为主的形态磷，再利用铜绿微囊藻培养的方式提取可被生物利用的磷；步骤2）分别采用去离子水和0.1mol氢氧化钠溶液去掉底泥中以物理吸附为主的形态磷和铁铝结合态磷，利用铜绿微囊藻培养的方式提取可被生物利用的磷;步骤3）利用所述步骤1得到的磷与所述步骤2得到的磷的差值即为可被生物利用的铁铝结合态磷。本发明提供的检测方法能直接定量、易于操作，精确的测量底泥中可被生物利用的铁铝结合态磷，使得用于评估水体富营养化发生风险的参照数据更具有可靠性。