本发明提供一种控制底泥磷释放的底泥活性覆盖系统，它设有两层土工布层和位于两层土工布层之间的底泥覆盖材料层，所述的底泥覆盖材料层是重量比5∶1-1000∶1的方解石和羟基磷灰石的组合物，所述的方解石和羟基磷灰石的粒径均为6目-600目。本发明还提供上述底泥活性覆盖系统在控制底泥磷释放中的应用。其优点是：土工布层能有效防止底泥覆盖材料层整体结构的完整性受到外界条件的破坏，而且还使失效的底泥覆盖材料层的定期更换变得简单；底泥覆盖材料层由重量比5∶1-1000∶1的方解石和羟基磷灰石的组合物构成，可有效抑制底泥污染物释放，对底泥中磷的固定速率快，固定效率高；经济节约，适于普遍推广。