本发明属于污水处理领域，涉及一种高浓度高氨氮的废水生物处理方法，尤其涉及一种制革废水生物处理系统及其处理方法。本发明制革废水生物处理系统包括顺次连通的一阶段网格曝气池、平流沉淀池、二阶段网格曝气池和辐流沉淀池，其中，所述平流沉淀池底部再通过回流泵连通一阶段网格曝气池进料口，所述辐流沉淀池底部再通过回流泵连通二阶段网格曝气池进料口；本发明处理方法采用两阶段曝气来强化系统的有机降解比例和脱氮功能。本发明处理系统及方法处理效果明显、运行维护方便、能耗低、处理费用小，具有显著的经济效益和社会效益。