本发明涉及微生物与环境工程领域，具体而言，涉及短短芽孢杆菌菌株、其菌株的培养方法以及应用。该短短芽孢杆菌菌株，2013年11月24日保藏于中国典型培养物保藏中心，保藏号为CCTCC NO：M2013597，保藏名称为短短芽孢杆菌50L-3a。本发明提供的短短芽孢杆菌菌株、其菌株的培养方法及其应用，将得到的菌液接种到除臭物上，具有较强的除臭能力，利于微生物除臭的广泛应用。