本发明公开了一种番茄HsfA1a基因在提高植物自噬体活性及抗旱性中的应用。包括如下步骤：(1)构建含番茄HsfA1a基因过表达载体的根癌农杆菌工程菌A和含番茄HsfA1a基因沉默载体的根癌农杆菌工程菌B；(2)将所述根癌农杆菌工程菌A介导转化目标植物外植体，制备得到HsfA1a基因转基因植株；将所述根癌农杆菌工程菌B浸染目标植物子叶，制备得到HsfA1a基因沉默植株；(3)将所述HsfA1a基因转基因植株和HsfA1a基因沉默植株进行干旱处理，观察植株自噬体的数目和抗旱表型。本发明研究发现，干旱可以诱导野生型番茄自噬体的形成，HsfA1a基因沉默后阻碍了自噬体的诱导，而HsfA1a基因过表达能显著增加自噬体活性，因此干旱胁迫下，番茄HsfA1a通过诱导自噬体形成从而增强其抗旱性。