本发明涉及一种1,3-丙二醇生产废水的处理方法，用于以粗甘油为原料发酵法生产1,3-丙二醇过程中的高浓度有机废水的处理。该法采用多效蒸发处理，再将蒸发冷凝冷却液与其他生产工序的排水混合进行上流式厌氧污泥床发酵、一级好氧生化、臭氧氧化、二级好氧生化组合处理，处理后出水直接达标排放。该法具有高浓度高含盐有机废水可实现达标排放、废水中的废物料得到有效回收和综合利用、高浓度有机污染物被转化成甲烷等得到资源利用等特点，符合循环经济和清洁生产的要求。