一种船舶压载水处理系统，包括压载泵和控制单元，所述压载泵出口设有浊度传感器，经第一控制阀连接水力旋分过滤单元，水力旋分过滤单元出水口经加压泵和单向阀连接网式过滤单元，网式过滤单元输出经反应单元连接压载舱。能够根据水质情况，选择过滤工艺，较好的适应各类水域，且具有较强的处理能力和较好的环境友好性，可应用于各种船型。