本发明提供了一种多元生态平衡生物修复方法，包括①调研水体：对水体内的植物、动物、微生物的分布及水质现状进行调研，分析确认水质及底泥情况；②分离配伍：对工程河段内的土著微生物分离、筛选、配伍、驯化；③在工程起点处河口安装生物膜栅；④在河岸边与支流河口分别投洒经步骤②配伍驯化的微生物；⑤调试追加微生物投放量或调整配比；⑥在河底布置人工水草，在水面布置水生植物，放养水生动物；⑦保持水体的生物与微生物相对平衡；⑧监测分析水体情况，调整微生物投放量和配比，保持所修复的水体水质。本发明抗冲击负荷能力强、处理效果稳定、经济性能好、无二次污染，维持多元生态平衡。