本发明涉及一种酸化沼气发酵系统恢复产气复合生物制剂及其制备方法。本发明复合生物制剂中含有嗜酸耐酸产甲烷菌、互营乙酸氧化菌、微量元素。此复合生物制剂可使已经酸化的沼气发酵系统快速恢复正常产气，无需添加碱性物质或大出料大换料，保证沼气发酵系统的连续稳定产气。本发明还提供上述复合生物制剂的制备方法，是由嗜酸耐酸产甲烷菌的混合菌液和互营乙酸氧化菌的混合菌液在厌氧条件下混合得到复合菌液，浓缩至嗜酸耐酸产甲烷菌与互营乙酸氧化菌的细胞总浓度至少为1×109个/mL，浓缩后添加微量元素，然后封装低温保存制备成液态酸化沼气发酵系统恢复产气复合生物制剂。更可进一步与辅料搅拌混合后厌氧烘干制成固态制剂。