本发明的一种二级反渗透水处理系统，包括依次连接的预处理装置、一级反渗透装置、二级反渗透装置、EDI系统装置和氮封水箱装置，该二级反渗透水处理系统上还设置有用于控制预处理装置、一级反渗透装置、二级反渗透装置、EDI系统装置和氮封水箱装置的PLC控制系统。原水经过一级反渗透装置、二级反渗透装置、EDI系统装置和氮封水箱装置处理后，水的电导率、PH值和其它参数都能达到《中国电子级超纯水国家标准》GBT11446 二级标准，而且水的纯度很高。不会用到酸碱，不会对环境造成污染，达到环保的要求；整个水处理系统由PLC控制系统集中控制，操作简单，生产率提高，人工成本和生产成本降低。