本发明提供了一种智能选择式船舶压载水处理设备，包括自控单元、过滤装置、灭活反应装置、电源；所述过滤装置和灭活反应装置连接；所述过滤装置、灭活反应装置之间设有第一压力传感器、盐度传感器和浊度传感器；灭活反应装置的出水管上设有第二压力传感器；所述灭活反应装置下部腔体内设有电化学装置，上部腔体内设有紫外装置，所述电化学装置包括平行设置的阳极和阴极，所述紫外装置包括紫外灯和套装在紫外灯外的石英管，所述阳极、阴极、紫外灯分别与电源连接；所述电源、第一压力传感器、盐度传感器、浊度传感器、第二压力传感器分别与自控单元连接。该设备结构简单、占地面积小、使用方便、成本低廉、运行管理方便，处理效果好，适用性广。