本发明公开了一种聚硅氧烷季铵盐改性沸石的制备方法及其应用，以天然沸石为载体，通过硅氧烷季铵盐单体化合物在其表面的原位聚合来制备对环境无害的聚硅氧烷季铵盐改性天然沸石。这种聚硅氧烷季铵盐改性天然沸石的表面带有正电荷，不仅对水中的带有负电荷的污染物如Cr₂O₇^2-、腐植酸和刚果红等具有很强的吸附能力，而且具有很强的抑菌抗菌功效，能广泛应用于各种水体的净化和消毒处理。本发明制备工艺简单，所得聚硅氧烷季铵盐改性天然沸石有较长的使用寿命；与未改性的天然沸石相比，其对水中阴离子和有机污染物的吸附能力有了很大的提高，同时，在净化水体的过程中同时抑制有害微生物的繁殖和生长。